Su función es la de investigar y salvaguardar el patrimonio arqueológico de San Juan y difundir científicamente los conocimientos obtenidos de las investigaciones. En su interior alberga una colección de mas de mil objetos, es el reservorio del patrimonio arqueológico de la provincia. Tiene como objetivo principal el estudio y conocimiento de la prehistoria local velando por la protección y conservación de los bienes culturales de San Juan.